朱元璋回宫之后，命翰林院起草皇榜广招天下擅长农事或者精通格致学的能人入朝为官，却不想此事被朝中大臣知道后，以方孝孺为首的一些朝中大儒全部反对此事，朱元璋一时也十分无奈。
等林文玄回到京城后，朱元璋下旨将林文玄召进皇宫。等他来到大殿后，朱元璋便说道：“文玄，父皇想广招格致学能人，但方爱卿等人强烈反对此事，朕看这件事还需要重新商议，所以将你宣进宫中。”
要知道在这个世界格致之学是末流学科，比那些戏子也高不到哪儿去，这些儒臣心里肯定不能接受。方孝孺为首的那帮儒臣知道是林文玄向皇帝进言要招收格致学能人的，见到林文玄进来，都开始指责起林文玄来了，说的好听的说他是不务正业，本末倒置，说的难听点的说林文玄蛊惑万岁，理当从重处置。
林文玄也没有想到这些大臣会这样反对，向朝中的大臣施了一礼道：“诸位大人，文玄招收那些格致学能人只是为了培育高产作物，让天下百姓能安居安业。”
方孝孺听到林文玄的话直接向他说道：“驸马，你今年科举高中解元，老夫也看过你所写的科举考题，处处扬我儒家教化，为何如今要宣扬那些格致学。须知三纲五常，等级分明，那些格致学向来为我儒家所不容的东西，学习格致学的那些人比之风尘女子尚且不如，又哪里能入朝为官？”
林文玄说道：“方大人，须知我大明之中三百六十行，行行皆能出状元。更何况，那些人被招收入朝廷后并非从政，只是享有品级俸禄，为我大明培育高产作物，改良我大明的器物，武器，即使出身低微又有什么关系呢！”
方孝孺说道：“自古以来，朝廷当以儒家仁政治理天下，最怕的是沉迷与这些奇技淫巧，驸马此举本末倒置，只怕会动摇国家根基！万岁，三思啊！”
林文玄本来敬重这些儒臣，但听到他们如此说，心里也有些火气，说道：“方大人乃当朝大儒，可曾知道格致学一词来历，《大学》中有言道到知在格物，物格而后知至。须知格致学便来自这一句话里，而这句话本来就是指的通过仔细观察找出事物中本来的道理，求得知识。所以格致学也是古之圣人所提出的，又为何为末流学科？”
方孝孺说道：“驸马也要知道，圣人中所说的格致学问没有错误，但后世所传格致学并非这些，只是一些奇技淫巧之术，又如何能登上大雅之堂？”
林文玄轻笑了一下道：“奇技淫巧之术？古之圣人制作出会飞的木鸟，会动的木人，三国时代诸葛孔明所作的木牛流马这些也是用的格致学，难道这些都是奇技淫巧？而且天下百姓自古以来便深受饥饿之苦，究其根本除了天灾**之外，就是因为粮食产量很低。时下我朝中万岁圣明，朝廷中官员清正廉洁，除了北方战事以外，国内并无**，但五年前北方大旱之时，百姓饿死无数，最后竟然将已经死去的人当成食物吃掉。如果格致学能够培育高产作物，必会让百姓再不受饥饿之苦，即使再有天灾，我大明粮食产量高，救济灾区时也会有足够存粮。方大人难道也认为这是奇技淫巧？”林文玄这番话说出来正气凛然，很是威风。
方孝孺听到林文玄的话，道：“这个……即使如此，那些人也是身份卑贱之人，如何能入朝为官？”
林文玄笑了一笑，语带嘲讽的说道：“方大人家学渊源，出身富贵，自然会如此说了。但是王候将相宁有种乎？想我朝万岁，本为淮右布衣，以方大人的话来说又该如何？”
听这二人在朝堂上斗嘴如此激烈，朱元璋心里也上火，脸色有些变化，林文玄这样说让方孝孺吓得面色发白，急忙跪下道：“老臣言语不敬，望陛下宽恕！”
朱元璋心知方孝孺对他忠心耿耿，示意自己并不怪罪他：“方爱卿起来吧，朕也知你忠君爱国之心，无心之失作不得数。”
等方孝孺又站了起来，林文玄继续说道：“即便格致学真的就是末流学科，难道就不能用了吗？想当年我中华大地大唐受万国朝拜，大唐帝王都会学习那些蛮夷国家的东西，难道那些东西能学，格致之学不能学？不然请父皇将培育高产作物一事交与方大人，方大人德高望重，学识渊博，必能培育出高产作物！”
林文玄这一番话说出来，朝中原本反对格致学的那些大臣都没有了声音，一句话也不敢说。方孝孺但被林文玄这样一挤兑，他也不知道该说些什么，让他去培育这些高产作物，他自认没有那个能力，可要让他说赞同格致学的话，他也说不出来，一时间只是跪在朝堂之上一句话也不说。
朱元璋看此情景，道：“今日之事朕最后决定成立格致院，具体事宜再作商议，文玄，方大人乃朕的良臣，这些年来忠君爱国，你属小辈，理应尊重于他。”
众位大臣看此情景也不再反对，林文玄心中也有些不好意思，想起这个方孝孺还是自己迎娶安庆公主时的媒人，而且是父亲相当佩服的一个大儒，忙向方孝孺施了一礼道：“方大人见谅，学生年轻，学生今日之言都是为国际社稷着想，言语之中多有冒犯词语，还忘方大人莫要生气。”
方孝孺见林文玄这样说，也不想再摆架子，回了一礼道：“驸马才高八斗，老夫佩服。刚才是老夫无礼在先了，驸马不必在意。”虽然这样说，但方孝孺从小学习儒家学术，对皇帝
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